首先从污染来源[1]说，不管是野生还是人工栽培都逃不过下面这些污染源：
土壤，水，这都不用说了，各种污染主要来源，尽管不是所有人工养殖菌都需要土壤，不过我很爱吃的鸡腿菇是土壤栽培的。
空气，对的，你没看错，空气也可能是污染源
栽培基质，来源广泛，主要原料是木屑、棉籽壳、玉米芯、秸杆、麸皮等农林副产品，同时需要加入一定量的石灰、石膏、过磷酸钙等添加剂，汞，镉污染重要来源。
根据来自各省市（浙江，重庆，北京，广东）的测试结果[2][3][4],食用菌重金属含量的变异系数极大，环境条件，品种和栽培技术都会影响食用菌的重金属含量。比如重庆市北碚地区，菇农流行用废报纸包扎制作菇袋，在菇袋制作及栽培的过程中，报纸中的铅则可以进入菇料和菌体中，结果就是铅含量超标。
总之，在数据可信前提下，这几个地区食用菌中重金属含量基本符合国家规定，浙江的含量都比较低，至于北京，我只找到一句含糊的“大部分低于国家标准”，所以，嗯，在北京吃蘑菇还是谨慎些比较好。详细数据有兴趣的可点击后面的参考文献，我就不列了。原因一是我比较懒，二是对于有可能吃进嘴里的蘑菇没什么参考价值（反正那些数值变化很大）。
另外经过对欧盟标准（EC）NO. 629/2008 和 （EC）NO 18811/2006的仔细研究，蘑菇虽然富集重金属能力比较强，但是在符合规定的前提下，含量并不算突出，举例来说，蘑菇、平菇和香菇的铅含量标准是0.3，鱼肉的标准也是0.3。比起头足类（我爱吃的鱿鱼，章鱼），双壳类（我爱吃的扇贝），海鱼（我爱吃的金枪鱼），海藻（我爱吃的紫菜不知道算不算？），食品添加剂以及各种罐头食品（我爱吃的蜜水黄桃罐头）来说，蘑菇重金属含量是小巫见大巫。所以只要不是经常吃，应该问题不大。如果真是很忌讳重金属，应该尽量避免吃各种生长期长的海产品
最后忍不住吐槽一下，天朝的食用菌卫生标准关于重金属这块，我能找到的最新法规是03年，相比96年法规毫无变化，也就是说，伟大祖国对于食用菌重金属标准已经至少14年没变过了，到现在还保留着关于滴滴涕和六六六的标准，这两玩意我刚上小学的时候就被禁掉了，标准还留着，这是代表允许使用呢，还是允许使用呢？容易富集的镉倒没有相应标准。
各国标准：
中国 食用菌卫生标准 GB7096-2003
| 项目 | 指标 ppm | |
| 干食用菌 | 鲜食用菌 | |
| 砷 ≤ | 1.0 | 0.5 |
| 铅 ≤ | 2.0 | 1.0 |
| 汞 ≤ | 0.2 | 0.1 |
台湾 行政院衛生署公告「食用菇類重金屬限量標準」：
項 目 | 限 量（以乾重計）ppm |
鎘 ≤ | 2.0 |
鉛 ≤ | 3.0 |
欧盟 （EC）NO. 629/2008号法规：
| 项目 | 指标 ppm | |
| 蘑菇、平菇和香菇 | 其他食用菌 | |
| 鎘≤ | 0.2 | 1.0 |
| 铅≤ | 0.3 | N/A |
参考文献
【1】食用菌重金属富集研究进展 http://wylib.jiangmen.gd.cn/xxw/syj/a1030.pdf
【2】广东省6种常见食用菌的重金属含量调查与评价 http://www.cqvip.com/qk/97435x/200806/28887561.html
【3】浙江省食用菌重金属背景值及质量安全评价 http://wenku.baidu.com/view/a83708661ed9ad51f01df207.html
【4】重庆市北碚地区食用菌重金属含量情况调查与分析 http://journal.cqnu.edu.cn/pdf/2007No.1/0722.pdf
【5】巴西蘑菇中重金屬(鉛及鎘)含量調查 http://journal.cqnu.edu.cn/pdf/2007No.1/0722.pdf
